หลักการทำงานของหม้อหุ้มคือการใช้แรงดันย้อนกลับในการหุงต้ม พูดง่ายๆ ก็คือการใช้ลมอัดเพื่อเพิ่มแรงดันในหม้อเพื่อป้องกันไม่ให้กระป๋องยื่นออกมาและกระโดด ดังนั้น ในกระบวนการฆ่าเชื้อและให้ความร้อน อย่าใช้ลมอัด แต่เพียงต้องอยู่ในสถานะเก็บรักษาความร้อนหลังจากถึงอุณหภูมิการฆ่าเชื้อแล้วเท่านั้น หลังจากการฆ่าเชื้อเสร็จสิ้น เมื่ออุณหภูมิลดลงและเย็นลง การจ่ายไอน้ำจะหยุดลง และน้ำหล่อเย็นจะถูกกดเข้าไปในท่อฉีดพ่นน้ำ เมื่ออุณหภูมิในหม้อลดลง ไอน้ำจะควบแน่น และแรงดันในหม้อจะถูกชดเชยด้วยแรงดันของลมอัด ในกระบวนการฆ่าเชื้อ ควรใส่ใจกับวิธีการระบายออกเบื้องต้น จากนั้นจึงระบายไอน้ำเพื่อให้ไอน้ำหมุนเวียน นอกจากนี้ยังสามารถปล่อยลมออกทุกๆ 15 ถึง 20 นาทีเพื่อส่งเสริมการแลกเปลี่ยนความร้อน